Personalitatea patriarhului Justinian este una controversata. Pe de o parte exista eticheta de „patriarh rosu”, pe de alta parte el este privit ca un salvator al Bisericii din Romania in fata dictaturii comuniste. Cheia elucidarii acestei problematici rezida in capacitatea istoricului de a contura cat mai exact cadrul desfasurarii evenimentelor, pornind de la numirea ca patriarh si pana la ultimele lui clipe.
Cea mai delicata perioada a fost insa cea comunista. In fata acestui solicitant episod al istoriei, crestinii au fost nevoiti sa aleaga intre doua atitudini: marturisirea credintei cu riscul suferintei crunte si al pierderii vietii sau pactizarea cu regimul. Exista o latura a acestei dileme care nu va putea fi lamurita niciodata prin mijloace istoriografice, aceea a convingerii personale, a experientei launtrice a omului. Din aceasta perspectiva, numai Dumnezeu ii poate judeca pe oameni, deoarece numai El stie tot adevarul asupra celor petrecute. De multe ori, tocmai pentru ca are in fata complexitatea persoanei umane, istoricul nu poate trece un anumit prag, deoarece nu poate evalua dimensiunea (daca este cazul) regretului, a pocaintei celor care au slujit regimul intr-un fel sau altul. In aceasta situatie, indemnul lui Marc Bloch este de referinta: „sunt insa momente in care datoria cea mai imperioasa a savantului este ca, dupa ce a incercat totul, sa se resemneze cu nestiinta si sa o marturiseasca cinstit.”