Personalitatea patriarhului Justinian este una contoversată. Pe de o parte există eticheta de „patriarh roșu”, pe de altă parte el este privit ca un salvator al Bisericii din România în fața dictaturii comuniste. Cheia elucidării acestei problematici rezidă în capacitatea istoricului de a contura cât mai exact cadrul desfășurării evenimentelor, pornind de la numirea ca patriarh și până la ultimele lui clipe.
Cea mai delicată perioadă a fost însă cea comunistă. În fața acestui solicitatnt episod al istoriei, creștinii au fost nevoiți să aleagă între două atitudini: mărturisirea credinței cu riscul suferinței crunte și al pierderii vieții sau pactizarea cu regimul. Există o latură a acestei dileme care nu va putea fi lămurită niciodată prin mijloace istoriografice, aceea a convingerii personale, a experienței lăuntrice a omului. Din această perspectivă, numai Dumnezeu îi poate judeca pe oameni, deoarece numai El știe tot adevărul asupra celor petrecute. De multe ori, tocmai pentru că are în față complexitatea persoanei umane, istoricul nu poate trece un anumit prag, deoarece nu poate evalua dimensiunea (dacă este cazul) regretului, a pocăinței celor care au slujit regimului într-un fel sau altul. În această situație, îndemnul lui Marc Bloch este de referință: „sunt însă momente în care datoria cea mai imperioasă a savantului este ca, după ce a încercat totul, să se resemneze cu neștiința și să o mărturisească cinstit”.