Ninja Assassin este povestea lui Raizo, un asasin ninja. Clanul Ozunu, o societate secreta a carei existenta este considerata un mit, l-a luat de mic copil de pe strazi si l-a transformat intr-un ucigas expert. Dar uciderea prietenului sau cel mai bun de catre clan il determina pe Raizo sa intoarca spatele membrilor clanului Ozunu pentru a se razbuna.
In Berlin, agenta Europol Mika Coretti investigheaza transferul unor bani ce au fost folositi pentru a plati asasinate politice din Orientul Indepartat. Sfidand ordinele superiorilor sai, Mika descopera cine sunt adevaratii responsabili pentru aceste asasinate. Descoperirile sale o transforma intr-o tinta vie, dar ea este salvata in ultimul moment de Raizo. Prins la mijlocul unui joc mortal de-a soarecele si pisica, Raizo si Mika trebuie sa colaboreze daca spera sa ramana in viata si sa distruga clanul Ozunu odata pentru totdeauna.